В отличие от других модификаций «Союза» места военного экипажа располагались не в ряд, а друг за другом. Это позволило разместить приборы контроля и управления по боковым стенам капсулы. Кроме того, на спускаемом аппарате находилась безоткатная пушка Нудельмана, разработанная специально для стрельбы в вакууме. Испытания на стенде доказали, что космонавт мог бы нацеливать космический корабль и пушку с минимальным расходом топлива.

В орбитальном модуле имелись также различные приборы для наблюдения за Землей и околоземным пространством – телескопы и бинокли, радары, фотоаппараты… На внешней подвеске орбитального модуля были закреплены штанги с пеленгаторами, предназначенными для поиска вражеских объектов.

Еще одним новшеством, примененным на «Союзе‑ВИ», стала энергоустановка на базе изотопного реактора. Дело в том, что привычные солнечные батареи, по мнению военных, делали корабль чересчур уж уязвимым.

В случае надобности «Союз‑ВИ» предполагали также оснастить стыковочным узлом, позволяющим осуществлять стыковку с военной орбитальной станцией «Алмаз», рассказ о которой у нас еще впереди.

В сентябре 1966 года была сформирована группа военных космонавтов, в которую вошли: Павел Попович, Алексей Губарев, Юрий Артюхин, Владимир Гуляев, Борис Белоусов и Геннадий Колесников. Экипажи Попович‑Колесников и Губарев‑Белоусов должны были первыми отправиться в космос на новом корабле.

Однако тут на «Союз‑ВИ» ополчились Василий Мишин и другие ведущие конструкторы ОКБ‑1. Они полагали, что нет смысла создавать столь сложную и дорогую модификацию уже существующего корабля 7К‑ОК («Союз»), если последний вполне способен справиться со всеми задачами, которые могут поставить перед ним военные. Оппоненты также утверждали, что нельзя распылять силы и средства, когда Советский Союз может утратить «первенство» в лунной «гонке». На самом же деле, как выяснилось позднее, москвичи просто не хотели делиться лаврами с куйбышевцами. И они добились своего: в декабре 1967 года работы по созданию военного космического корабля «Союз‑ВИ» были свернуты.